- Mâu thuẫn thứ nhất: Xung đột giữa nhân dân lao động gặp khó khăn và bọn hôn quân bạo chúa sống xa hoa, truỵ lạc. Mâu thuẫn này đã tồn tại từ trước, và khi Lê Tương Dực bắt Vũ Như Tô xây dựng Cửu Trùng Đài, mâu thuẫn trở nên căng thẳng hơn.

Để xây dựng Cửu Trùng Đài, triều đình ra lệnh tăng thuế, bắt thêm thợ giỏi, tróc nã, hành hạ những người phản đối. Thợ lao động mệt mỏi, đói khát, bị ăn chặn, làm việc cật lực. Dân cảm thấy phẫn nộ, quốc gia kiệt cụt. Thợ thuyền oán trách Vũ Như Tô vì nhiều người chết trong tai nạn do ông quyết định chém những kẻ chạy trốn.

Trịnh Duy Sản ngăn cản Lê Tương Dực, dự báo sẽ có loạn và đề xuất loại bỏ cung nữ, giết Vũ Như Tô. Nhưng Lê Tương Dực không chỉ không lắng nghe mà còn sai đánh đòn vào Trịnh Duy Sản (hồi ni). Sau đó, tin lụt lội, mất mùa, và thông báo về đói kém khiến Thăng Long chao đảo. Vẫn bị đè bẹp, Vũ Như Tô vẫn quyết tâm hướng dẫn thợ xây dựng Cửu Trùng Đài. Thợ nghĩ đến nổi loạn. Trong tình hình hỗn loạn và mâu thuẫn, Trịnh Duy Sản - lãnh đạo phe cánh đối lập trong triều đình - nổi dậy, kích động thợ thuyền phản bội, giết chết Tương Dực, Vũ Như Tô, Đan Thiềm và hủy diệt Cửu Trùng Đài (hồi 4 và 5).

Như vậy, mâu thuẫn này đạt đến cao trào vào hồi thứ năm và giải quyết ở hồi cuối cùng: Lê Tương Dực bị Trịnh Duy Sản giết, Nguyễn Vũ tự tử, Kim Phượng và các cung nữ bị nhóm nổi loạn hành hạ, bắt giữ.

- Mâu thuẫn thứ hai: Xung đột giữa quan niệm nghệ thuật cao siêu, thuần tuý (Cửu Trùng Đài) và lợi ích thiết thực của nhân dân.

Mâu thuẫn này bắt nguồn từ nguyên nhân sâu xa: Người nghệ sĩ tài năng với hoài bão và niềm đam mê không thể thể hiện tài năng trong một xã hội thối nát, nơi mà nhân dân phải chịu đựng đau khổ. Vũ Như Tô, một kiến trúc sư tài năng, muốn xây dựng một lâu đài vĩ đại để làm đẹp đất nước và làm hạnh diện dân tộc. Nhưng hoàn cảnh xã hội không cho phép ông thực hiện khát vọng sáng tạo ấy.

Không còn cách nào khác, Vũ Như Tô nghe theo lời khuyên của Đan Thiềm, sử dụng uy quyền và tiền bạc của vua hôn quân Lê Tương Dực để xây dựng công trình lớn. Thế nhưng, niềm khao khát cống hiến và sáng tạo của ông đẩy ông vào mâu thuẫn với lợi ích thiết thực của nhân dân. Từ mong muốn đóng góp cho cộng đồng, Vũ Như Tô lại trở thành kẻ đối lập với nhân dân, đặc biệt là những người thợ coi ông như kẻ thù. Đây chính là nguồn gốc của bi kịch không lối thoát của thiên tài Vũ Như Tô.

Hai mâu thuẫn trên là cơ sở của vở kịch và được thể hiện ở hồi V. Hai mâu thuẫn này tương tác và ảnh hưởng lẫn nhau.